TAKSONOMIA

TAKSONOMIA
Bakterie chorobotwórcze zajmują niewielką część królestwa bakterii. Uporządkowaniem zajmuje się taksonomia drobnoustrojów – opracowuje zasady i cele klasyfikacji drobnoustrojów. Jest oparta na właściwościach morfologicznych, genetycznych, fizjologicznych, itd. Analiza tych danych pozwala na uszeregowanie w jednostkach taksonomicznych: gromada, klasa, rząd, rodzina, rodzaj, gatunek. Największe znacznie ma systematyka Bergey’a. Bakterie należą do królestwa Procaryota. Nazwy są sformułowane w sposób międzynarodowy: dwie nazwy – pierwsza to rodzaj (genus), a druga gatunek (species). Nazwy z większej liczby członów są niewłaściwe, podobnie potoczne.
W obrębie gatunku rozróżnia się grupy, które mogą się różnić kilkoma cechami i mogą tworzyć podrzędne jednostki taksonomiczne, np. odmiany (varietes) lub przy różnicach w budowie antygenowej – serotypy.
Obserwuje się dużą zmienność fenotypową; zależność wielu cech od jednego genu; wielopostaciowość na bazie jednego genomu, żyją b. krótko – obserwacja w ograniczonym czasie  to wszystko utrudnia klasyfikację. Na początku patrzono na właściwości morfologiczne, ale są to cechy niewystarczające do klasyfikacji drobnoustroju. W celach diagnostycznych wartość użytkową mają cechy biochemiczne i fizjologiczne. Wykorzystuje się różnice metaboliczne, właściwości serologiczne, zjadliwość, toksyczność, inwazyjność – wystarczające do identyfikacji, ale nie do klasyfikacji.
Metody numeryczne – na podstawie różnych cech (od 80 do 300), na podstawie kodu cyfrowego. Obecnie podstawą jest taksonomia genetyczna oparta na homologii kwasów nukleinowych. Oznacza się skład puryn i pirymidyn. Jest to cecha stała, charakterystyczna dla każdego gatunku. Zbędne jest oznaczanie wszystkich zasad; podaje się % molowy G+C (od 22 do 74 mol%, np. Brucella 58 mol%, Escherichia 51 mol%, Staphylococcus 34 mol%). Hybrydyzacja kwasów nukleinowych – próba renaturacji wyizolowanego DNA zdenaturowanego w czasie rozdzielania się spirali. Porównuje się z nicią DNA innego gatunku; jeżeli są fragmenty homologiczne  renaturacja nici. Mierząc stopień w jakim się łączą określa się stopień homologii naturalnej. Bierze się też pod uwagę homologię białek – określa się stopień podobieństwa kolejności aminokwasów w łańcuchu polipeptydowym (a to zależy od kolejności zasad w genie).

Comments are closed.